在2199年左右，电脑人战胜了人类，统治了整个地球。它们把所有的人都浸泡在营养液中，在人身上接通许多电线，输入由电脑控制的电流刺激，模拟出人的全部感觉、经验、思维和想象。每一个人从生到死，都生活在由电脑所制造的活生生的虚拟世界中，谁也不知道自己全部的生活竟是一个幻觉，谁也无法从这场大梦中觉醒。这就是无所不在又不为人知的Matrix。但是以默菲斯为首的反抗者，仍然在地心坚持战斗，他们要破坏Matrix，戳穿这个总体性的幻觉，使全人类获得觉悟。他们进入虚拟世界，以黑客的手段来进行破坏。在多次失败之后，他们发现了黑客尼奥是他们唯一的希望，是全人类的救世主。
6月放生的日子在虚拟世界中，安德森表面上是一位普通的软件工程师，过着循规蹈矩的生活。可是作为化名尼奥的黑客，他对这个虚拟世界的秩序心怀不满，经常攻击电脑网络，并对这个世界的真实性感到怀疑，开始追问什么是Matrix。保卫虚拟世界的警察逮捕了安德森，并要逼迫他协助警察追捕反抗首领默菲斯。
但是默菲斯等反抗战士最终说服了安德森，并帮助他回到了真实世界。安德森抛弃了他在虚拟世界中被规定的角色，以尼奥为名开始了恢复真实世界的工作。经过艰苦的学习过程，尼奥首先恢复了其真实的感觉和运动的机能，在模拟Matrix的其它虚拟世界中，他学会了中国功夫，领悟了虚拟世界的虚幻性。然后他们进入虚拟世界与电脑人特工展开了惊心动魄的搏斗，最终解放了人类，恢复了真实的生活，使人类从一场巨大的幻梦中觉醒过来。
二、 基督教的启示
作为西方世界的作品，基督教思想的影响是很自然的，基督教的象征符号在电影中随处可见，许多地方甚至可以说是圣经的现代版。例如，黑客帝国中将反抗基地称之为锡安（Zion）而这座位于耶路撒冷的山峰，正是犹太民族的文化中心，也是犹太复国主义者梦寐以求要恢复建都的地方。整个人类的希望寄托在救世主耶稣身上。而要破坏Matrix，则非尼奥这位未来时代的耶稣不可。耶稣之前有施洗者约翰的预告，而尼奥之前有默菲斯的准备工作。救世界主必须要有牺牲自己拯救他人的决心和勇气。而尼奥为了救出默菲斯，冒着生命危险，进入虚拟世界，与无法消灭的电脑人展开了力量悬殊的也是由于塞福的叛变。犹大叛变是为了30枚银币，而塞福向警察告密则是因为他受够了真实世界的清贫生活，贪图多汁的牛排和性感的美女，要享受虚拟世界中富裕而显赫的生活。救世主耶稣必须经过死而复活，才能拯救世界。只有通过死的历程，才能获得永生。尼奥也是在被电脑人杀死并复活之后，才真正获得了拯救人类的力量。人类要想获得拯救，必须要坚定地信仰救世主耶稣。默菲斯冒着被警察追捕的危险不顾一切地寻找尼奥，在警察追捕时，为了掩护尼奥脱险，不惜自己落入敌手。基督教认为信念和爱会产生奇迹。崔尼娣和尼奥一起参加非常危险的营救默菲斯的行动。在反抗基地面临“乌贼”群进攻时，为了等待尼奥的安全返回，他们坚持到最后一秒，为了尼奥他们甘愿牺牲所有人的生命和基地安全。在尼奥死后，正是崔尼娣充满爱情的一吻，使尼奥得以复活。黑客帝国的故事试图说明，人类要想得到拯救必须要有基督教的三德：信、仰、爱，即对救世主的信仰、对最终必得拯救的希望，以及对救世主和他人的无限热爱。
三、 佛教的智慧
与基督教的象征相比，黑客帝国所揭示的佛教智慧则更加明显、更加深刻。影片中
无所不在而又不为人知的Matrix，才是真正的反面角色。它是一切的统治者，是一切苦难的最根源。表面上它是人类生活的全部内容，是最大的真实，是最坚固的实在，实际上却是彻头彻尾的虚幻，恰似镜花水月。这就是佛教中所说的“无明”。它控制了我们全部的生活，除非我们跳出其外，否则我们很难摆脱其控制。象尼奥开始那样，用黑客手法攻击Matrix的局部环节，至多能在局部上改进虚拟世界，去掉几个bug而已，依然是在Matrix的控制之下，依然是过着虚幻的生活，是“不究竟的”、“有漏的”。所以佛教认为，如果不能破除无明，仅仅通科技进步、政治改革在局部问题上改善人类生活，是无法解决人类所面临的根本问题的。
从佛教的观点看，每一个人的命运都掌握在自己手中，并无所谓救世主。所谓命运，不过是过去的业因怕导致的结果，因此不是绝对不变的，只要努力修因，就可以改造命运。尼奥之所以能成为人类的救世主，绝不仅仅是因为其高超的黑客技巧，更主要是因为他在命运面前从不低头，坚决反抗。正是这种反抗精神，使得他不愿意接受Matrix所安排的程序，自发地怀疑虚拟世界的真实性，并开始用黑客手法不自觉地反抗Matrix。也正是这种对命运的反抗精神，使得他最终相信自己确实是救世主，在Matrix中突破了程序的限制，获得了自在的“神通”。影片通过尼奥的成长经历所想要揭示的深层寓意是：人人皆有佛性，只因妄想执着而流落六道轮回；只要证得菩提，即可成佛。
佛教认为，贪婪、嗔恨、愚痴三者是解脱的主要障碍。要想摆脱幻梦，必须要舍弃那些虚幻的享受。塞福明明知道性感的美女和多汁的牛排不过是虚幻的数字而已，但是却难以割舍，后悔当初为什么未能吃下那进入虚幻世界的红色药片，并痛恨将真相揭示给他的默菲斯。影片中这位沉湎于美酒，向往着财富地位的人最终成为叛徒；而反抗战士们的食物却只是营养丰富的稀粥，这是寓意深刻的。
在尼奥吃下蓝色药片并脱离了那营养液的环境回到真实世界后，眼睛无法忍受阳光的强烈刺激，身体肌肉难以适应真实世界的运动需要。这是因为长期生活在虚幻世界之中，身体的感觉和运动机能得不到真正的锻炼，已经萎缩。所以默菲斯说，他们一般不解放成年人，因为成年人很难适应这种剧烈的变化。这是想要说明：通往解脱的道路是非常艰辛的，需要长期的努力修行才能真正适应真实的世界和真实的生活。
尼奥在认识了真实世界之后，为了能够在虚拟世界中和强大的电脑人对抗，还必须要在由反抗基地主机所构造的另外的虚拟世界中学习中国功夫和跳跃等。这些世界虽然和Matrix一样也是虚幻的，但其功能是完全不同的。Matrix的功能是要剥夺人的真实生活，是遮蔽人的智慧的；而人为构造的虚拟世界的目的却是要提高人在虚拟世界中的活动能力，并帮助人们来认识虚拟世界的虚幻性。尼奥就是用这种方法在短期内学会了上乘的中国功夫和匪夷所思的跳跃能力。这正如清净道论中所叙述的运用观想来获得履水如地，穿石如水的神通的修行方法一样。最有意思的是，有一次尼奥在一个虚拟世界中，目不转睛地盯着一位美丽的红衣女郎，忘了聆听默菲斯的教诲。结果，当他再回头去看时，他非常着迷的女郎却马上变成了对他持枪瞄准的警察特工。而这正是特意为尼奥设计的程序，以便他能充分认识到Matrix的虚拟性。这简直是佛教“不净观”的翻版。所谓“不净观”是一种将常人非常贪恋的美女观想为令人厌恶的一摊浓血的修行方法。可以想见，若真能观想成功，这种方法对治普通人贪恋女色的习气一定是非常有效的。所以，佛教虽然认为“凡所有相，皆是虚妄”却又认为正确的观想对于提高精神境界非常必要，即佛教中所谓借假而修真的道理。
另一方面，如果将此人为设置的虚拟世界当作真实世界，同样也是错误的，也会影响能力的发挥。所以，默菲斯在虚拟世界中教授尼奥武功时，就不断地提醒尼奥：“我在虚拟世界身手这么敏捷和我的肌肉发不发达有关吗？你在这里需要呼吸吗？”佛教对待修行中所观想的境界也是这样，到了高级阶段就必须要将原来观想的境界破除掉。这正是“毕竟空”的要旨所在，即所谓“若见诸相非相，即见如来”。
然而这种否定绝非是消极的。普通人在虚拟世界中所以能力有限，受到电脑人的统治，就是因为将虚幻的世界当作真实，所以为程序所束缚。影片中尼奥一旦真正相信自己其实根本受程序之操纵，马上就可以让子弹在空中停留，也可以象电脑人那样不受限制地自由变化，在虚拟世界中随心所欲。佛教的道理也是如此。所谓空有不二，真空即是妙有。一旦体证了空性，就会象六祖惠能在五祖指导下开悟时那样惊喜地发现：“何期自性本自清净，何期自性本不生灭，何期自性本自具足，何期自性本无动摇，何期自性能生万法”。无穷无尽的游戏神通就可以随心所欲地开显出来。
一切比喻都是蹩脚的。所以黑客帝国作为现代寓言，在宗教智慧的表达上，一定有许多牵强附会之处，甚至自相矛盾之处。我们不必过于严格地、逐一对应地去检查。但是，它向我们提出了一个非常尖锐的问题：既然虚拟现实技术在原则上可以将我们现实生活凭空模拟出来，那么我们原来深信不疑的现实生活是否可能也是某种更深层次的模拟结果呢？倘若如此，佛教对我们现实生活的真实性的批判和怀疑就真是一种照彻人生迷雾的无上智慧！
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